{"id":6364,"date":"2023-05-23T07:19:59","date_gmt":"2023-05-23T06:19:59","guid":{"rendered":"https:\/\/www.irsa.cnr.it\/wp\/?p=6364"},"modified":"2023-05-25T13:17:14","modified_gmt":"2023-05-25T12:17:14","slug":"seminario-cnr-irsa-online-biomonitoraggio-ambientale-con-approcci-di-terza-generazione-digital-droplet-pcr-per-la-quantificazione-di-biomarcatori-bioindicatori-e-tecnologia-nanopore-per-i","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.irsa.cnr.it\/wp\/?p=6364","title":{"rendered":"Seminario CNR &#8211; IRSA online: \u201cBiomonitoraggio ambientale con approcci di terza generazione: Digital Droplet PCR per la quantificazione di biomarcatori\/bioindicatori e tecnologia Nanopore per il sequenziamento\u201d."},"content":{"rendered":"<p>Il giorno 1 Giugno, dalle ore 14:30 alle ore 16:00, la Dr.ssa Bruna Matturro terr\u00e0 il seminario \u201cBiomonitoraggio ambientale con approcci di terza generazione: Digital Droplet PCR per la quantificazione di biomarcatori\/bioindicatori e tecnologia Nanopore per il sequenziamento\u201d.<\/p>\n<p>Il biomonitoraggio (bm) \u00e8 uno strumento essenziale per diverse applicazioni ambientali. Ad oggi le metodologie biomolecolari sono ampiamente usate per il bm consentendo di analizzare geni, microrganismi e comunit\u00e0 microbiche con approcci coltura-indipendenti (environmental-omics) che consentono di individuare e studiare in tempi rapidi anche la frazione microbica non coltivabile. Per la quantificazione di bioindicatori\/biomarcatori di diversi processi ambientali, negli ultimi quindici anni la Real Time PCR (qPCR) \u00e8 stata ottimizzata, validata e applicata con successo quale metodologia elettiva.<\/p>\n<p>Tuttavia, il limite di rilevabilit\u00e0 \u00e8 un punto critico della qPCR che pu\u00f2 generare risultati fuorvianti in particolare con concentrazioni di targets \u2264 1E+03 copie geniche\/reazione. Inoltre, la necessit\u00e0 di allestire rette di calibrazione ed eseguire reazioni in triplicato, rende talvolta questo approccio time-consuming. Per superare i limiti di accuratezza, sensibilit\u00e0, precisione e riproducibilit\u00e0 della qPCR, abbiamo sviluppato e ottimizzato protocolli di Digital Droplet PCR (ddPCR) per il bm di geni coinvolti in diversi processi ambientali dal biorisanamento, alla valorizzazione di sostanze di scarto per la produzione di biocomposti ad alto valore aggiunto, all\u2019antibiotico resistenza. Per il set di targets analizzati, \u00e8 stato valutato il range dinamico di risposta della ddPCR rispetto alla qPCR e i dati ottenuti su diverse tipologie di campioni saranno discussi in questa presentazione, evidenziando le potenzialit\u00e0 della ddPCR ai fini del biomonitoraggio.<\/p>\n<p>Un ulteriore elemento essenziale per il bm \u00e8 la caratterizzazione della composizione\/funzionalit\u00e0 di microbiomi mediante sequenziamento finalizzato all\u2019analisi (meta)genomica\/trascrittomica. Nei primi anni 2000, il sequenziamento highthroughput ha mosso i primi passi consentendo, soprattutto su piattaforma Illumina (basata su short-read sequencing), di fare luce nella black box microbica evidenziandone le potenzialit\u00e0 per molti processi biologici di interesse ambientale.<\/p>\n<p>Sebbene il sistema di sequenziamento Illumina sia valido ed altamente efficace, per alcune applicazioni in tempo reale e on-site dimostra delle criticit\u00e0, soprattutto se non si dispone di genomi di riferimento. Recentemente \u00e8 stata sviluppata la tecnologia di sequenziamento Nanopore (basata su long-read sequencing) con elevata rapidit\u00e0 di esecuzione e con strumentazione agevole per applicazioni in real-time e on-site.<br \/>\nNella presentazione verr\u00e0 riportata l\u2019esperienza maturata su entrambe le piattaforme di sequenziamento, discutendone le potenzialit\u00e0 per rendere il biomonitoraggio uno strumento di routine, soprattutto nell\u2019ottica di integrare la genomica ambientale in sistemi di machine learning finalizzati a decifrare i dati \u2013omici e tradurli in azioni a supporto delle fasi gestionali e decisionali di problemi ambientali in sistemi naturali o ingegnerizzati.<\/p>\n<p>Il seminario \u00e8 aperto a tutti e si terr\u00e0 nella Sala Riunioni della sede di Montelibretti dell\u2019Istituto di Ricerca sulle Acque.<\/p>\n<p>E\u2019 disponibile anche il collegamento su piattaforma GoToMeeting ed \u00e8 necessaria la registrazione.<\/p>\n<p>Tutte le informazioni relative al seminario ed alla registrazione sono raggiungibili al seguente <a href=\"https:\/\/eventi.irsa.cnr.it\/e\/matturrob\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">link<\/a><\/p>\n<p><strong>Contatti:<\/strong><br \/>\nBruna Matturro &#8211; CNR IRSA, sede di Roma &#8211;\u00a0<a href=\"mailto:bruna.matturro@irsa.cnr.it\">bruna.matturro@irsa.cnr.it<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Il giorno 1 Giugno, dalle ore 14:30 alle ore 16:00, la Dr.ssa Bruna Matturro terr\u00e0 il seminario \u201cBiomonitoraggio ambientale con approcci di terza generazione: Digital Droplet PCR per la quantificazione di biomarcatori\/bioindicatori e tecnologia Nanopore per il sequenziamento\u201d. 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