Attualmente vengono condotte presso l'IRSA ricerche raggruppabili nelle seguenti aree tematiche:

1. Destino ed effetti di contaminanti
2. Funzionamento di ecosistemi acquatici e risposta agli impatti
3. Trattamento di acque reflue urbane ed industriali
4. Gestione di fanghi e rifiuti solidi
5. Bonifica di siti inquinati
6. Gestione sostenibile delle risorse idriche
7. Interazioni acque sotterranee, rocce ed ecosistemi superficiali